Para manter os projetos e investimentos na área da Ciência, Tecnologia e Inovação, a Fapepi mantém parcerias com diversas instituições, entre elas, o Governo do Estado do Piauí, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa), a Universidade Estadual do Piauí (Uespi), a Universidade Federal do Piauí (UFPI), o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Piauí (IFPI), a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep), o Serviço Brasileiro de Apoio às Micro e Pequenas Empresas (Sebrae), o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico Tecnológico (CNPq), a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e o Ministério de Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTI).